La première plateforme métabolique française ou l’espoir d’en savoir plus sur de nombreuses maladies

On Avr 15, 2021

Il en existe déjà 28 dans le monde. Avec sa première plateforme métabolique, la France espère mieux comprendre certaines maladies comme le cancer, l’endométriose, les maladies rares et même le Covid-19.

Les échantillons de fluides sont préparés avant d’être analysés par la plateforme métabolique.

MétaboParis

De grands espoirs reposent sur elle pour mieux comprendre un vaste éventail de maladies. La France vient de se doter de sa première plateforme métabolique, une plateforme qui permet l’analyse poussée des métabolites (les molécules comme les acides aminés, les nucléotides ou encore les antibiotiques ou les pigments). A l’image de la génétique qui permet de scruter notre profil ADN, la métabolomique permet d’établir un profilage basé sur les métabolites. Il existe déjà 28 plateformes de ce genre à travers le monde, qui peuvent se communiquer des données et des résultats entre elles. La France rejoint désormais ce réseau, avec MétaboParis, une structure chapeautée par Université de Paris, l’Inserm et le CNRS. Elle doit permettre de faire avancer la médecine personnalisée, une façon de traiter les patients en fonction de leurs spécificités et non en traitant chaque malade avec les même méthodes.

« L’empreinte métabolique dépend de chaque individu. Elle est déterminée par notre signature génétique, qui est unique, elle-même influencée par l’environnement« , explique Valérie Thibodeau, responsable du pôle infrastructures de l’Inserm. Pour l’analyser, les chercheurs peuvent utiliser plusieurs fluides corporels, comme l’urine, le sang ou le liquide céphalo-rachidien mais aussi des tissus. « La plateforme peut quantifier toute une série de métabolites présents dans le corps ou chercher certains marqueurs spécifiques chez les malades. On peut par exemple filtrer l’empreinte d’un groupe de patients aussi. Ou chercher des marqueurs chez les personnes malades. » En établissant le profil métabolique de chacun, il est possible de distinguer plusieurs catégories de malades.

Un profil métabolique pour les malades du Covid-19 long

Parmi les projets déjà lancés de MétaboParis, une étude sur le Covid-19 long, une forme de Covid-19 dont les séquelles neurologiques, respiratoires, cardiaques, se poursuivent durant des mois après l’infection.

« Chez les malades du Covid-19, on peut distinguer les gens infectés des gens qui n’ont pas encore rencontré la maladie« , explique le Dr Gildas Bertho, responsable de la structure. « Parmi les gens malades, on peut faire une analyse plus fine et distinguer les formes plus graves des autres. Le suivi sur le long terme permet de voir que certaines personnes ne guérissent pas et souffrent d’un Covid-19 long. D’autres, qui avaient une forme bénigne, peuvent aussi passer à une typologie plus grave de la maladie. » La majorité des personnes infectées revient heureusement à une empreinte métabolique similaire à celle qu’elles avaient avant l’infection. Mais les personnes qui souffrent de Covid-19 long présentent une empreinte persistante. « Il existe une cinquantaine de manifestations différentes d’un Covid-19 long et nous nous attendons à trouver autant de profils métaboliques différents qui correspondent à cet état. »

En plus de ce projet sur le Covid-19, la plateforme analyse de larges cohortes de patients dans le cadre de partenariats avec différents hôpitaux. Une vingtaine de projets ont déjà démarré, neuf avec des hôpitaux, dont huit de l’Assistance publique des hôpitaux de Paris (AP-HP), six avec des unités de l’Inserm, trois avec le CNRS et 2 cohortes issues de ComPaRe, une communauté de patients pour la recherche de l’AP-HP. Lymphomes (cancers du sang), cancer du sein, psychiatrie, maladies rénales chroniques, mais aussi risques cardiovasculaires, infertilité ou endométriose… Autant de domaines dans lesquels la plateforme métabolique pourrait permettre de mieux dépister et donc de mieux soigner les malades.

Pas plus de dix minutes pour une analyse

A terme, ce système à haut débit pourrait même trouver sa place à l’hôpital. « Les échantillons prélevés et analysés suivent le même parcours que ceux que nous déposons à notre laboratoire au coin de la rue. Tous ne sont pas analysés sur place, ils sont transportés dans toute la France« , explique Nicolas Giraud, professeur de pharmacologie et chercheur au CNRS. Ainsi, tout un réseau d’analyses pourrait se mettre en place avec les hôpitaux d’Ile-de-France. La plateforme reçoit des échantillons anonymisés, congelés, stockés à -80°C. Une fois sortis du froid, les échantillons sont préparés par un robot qui les transfère dans des tubes à essai. « Les échantillons passent ensuite à 4°C. Puis l’analyse est faite par un serveur. » Pour cela, MétaboParis utilise différentes techniques comme la spectrométrie de masse, qui permet d’identifier différentes molécules en mesurant leur masse. Cette technique fonctionne grâce à la résonance magnétique nucléaire, qui analyse les molécules sous un champ magnétique. Tout cela va très vite, puisque l’analyse complète est réalisée en dix minutes. « Les résultats sont envoyés sous forme de rapport PDF, tout à faire compréhensible par les médecins. En tout, la plateforme peut en réaliser une centaine par jour. » Des échanges faciles et rapides qui apporteraient un degré de précision en plus dans la prise en charge des patients. Stockés et analysés dans la durée, ils permettront également d’observer le profil métabolique des malades sur le long terme, afin d’en scruter les changements. Et de mieux comprendre l’évolution des pathologies.

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