Covid-19 : les formes graves de la maladie liées à des gènes hérités de Néandertal

Des biens, des fortunes… ou des dettes ! Comme dans la vie, certains reçoivent de leurs aïeuls de meilleurs lots biologiques que d’autres, et cela semble être aussi le cas pour le Covid-19. En effet, des études ont déjà mis en évidence que certaines mutations génétiques étaient surreprésentées chez les patients qui développent des formes graves de la maladie. Notamment une recherche publiée en juin dans le New England Journal of Medicine, qui surlignait l’implication d’une région du chromosome 3 chez des patients graves en Italie et en Espagne. Or, une nouvelle étude, publiée le 30 septembre dans la revue Nature, vient de révéler que cette région est en fait un héritage reçu de la part de nos cousins néandertaliens !

Une prédisposition présente partout, sauf en Afrique

« On est un peu tombé sur cette découverte par hasard, avoue en souriant Hugo Zeberg, premier auteur de l’article. Quand une longue séquence d’ADN est bien conservée et se retrouve partout dans la planète, sauf en Afrique, elle vient probablement des Néandertaliens (les Homo sapiens ont rencontré ces cousins seulement après avoir quitté l’Afrique, ndlr). On a vu que cette région génétique avait cette distribution particulière, donc on s’est dit : et si c’était Néandertal ? Bingo ! » Ce chercheur en anthropologie évolutionnaire de l’Institut Karolinska (Suède) et l’Institut Max Planck (Allemagne), se spécialise précisément dans l’héritage génétique que nous ont laissé les autres espèces Homo, notamment les Néandertaliens et les Dénisoviens. C’est pourquoi il a réagi si promptement quand il a vu que cette séquence de 50.000 paires de bases se retrouvait très bien conservée dans environ50 % des personnes d’Asie du Sud, 16 % des Européens, ainsi qu’en Amérique (4 %) et en Océanie, mais presque pas en Afrique. En la comparant avec les génomes néandertaliens disponibles aujourd’hui, ils ont mis en évidence que cette séquence était déjà présente chez un Néandertalien qui a vécu il y a 50.000 ans en Croatie.

Deuxième surprise : cette séquence, pourtant très fréquente en Asie du Sud, est presque introuvable en Asie de l’Est. « On ne sait pas si cela est dû à une sélection positive dans le sud du continent, où ces variantes génétiques auraient pu donner une protection immunologique, ou s’il s’agit plutôt d’une sélection négative en Asie de l’Est, où il se pourrait que cette susceptibilité aux coronavirus ait balayé les personnes portant cet héritage néandertalien… ou un peu des deux« , spécule Svante Pääbo, co-auteur de l’étude. Mais cette deuxième possibilité semble renforcée par l’évidence actuelle concernant la virulence de l’épidémie selon les régions. En effet, l’Asie de l’Est a été relativement épargnée, contrairement à l’Asie du Sud, où l’Inde s’approche des 100.000 décès (70 décès par million d’habitants), contre moins de 5.000 en Chine et 1.500 au Japon (3 et 12 décès par million d’habitants, respectivement, données issues de l’OMS). « Cette prédisposition pourrait expliquer une partie de l’impact différentiel qu’on voit dans chaque région, mais les facteurs les plus déterminants restentl‘âge et la façon comme chaque pays gère la pandémie« , nuance Svante Pääbo.

Deux gènes mis en cause

La version néandertalienne de cette séquence semble avoir un effet très délétère face au Covid-19, augmentant le risque de développer une forme grave de la maladie, même chez les jeunes adultes. « Les personnes qui ont cette version dans leurs deux copies du chromosome 3 sont beaucoup plus à risque, c’est comme s’ils avaient 20 ans de plus« , détaille M. Pääbo. Cette séquence comporte trois gènes, dont deux sont des bons candidats pour être responsables de cette prédisposition au Covid-19. Le premier est CCR9, codant pour un récepteur de cytokines (des messages moléculaires que s’envoient les cellules) qui est impliqué dans l’activation des lymphocytes T, essentiels dans la réponse immunitaire. Le deuxième est SLC6A20, qui encode un transporteur membranaire pouvant se lier à l’angiotensine 2 (ACE2), la protéine utilisée par le coronavirus SARS-CoV-2 pour s’accrocher aux cellules humaines. On ne sait pas encore quel est le mécanisme exact par lequel les versions néandertaliennes de ces gènes nous affaiblissent face au virus, ce qui est sûr est qu’une bonne partie de l’ampleur de l’épidémie pourrait s’expliquer par cet héritage. Merci, les cousins !